Volviendo a la calle Corredera, poco más adelante y a nuestra derecha, se encuentra la iglesia de la Encarnación, regida por los Jesuítas desde 1944. Esta fundación fue preparada por el mismo San Francisco Borja en 1552 y se inauguró en 1558. Se instaló un colegio en el que se impartía gramática y latín. La enseñanza era gratuita y estaba sostenida por las rentas de donaciones del licenciado Andrés de Casas Rubias y de bienes que los marqueses de Priego poseyeran en Montilla.

Para sustituir la primitiva iglesia, la construida en el siglo XVI, que era de una sola nave paralela a la calle Corredera, se decidió en el siglo XVIII montar otra mayor que pudiera albergar a fieles y colegiales. Su construcción comenzó en 1726. Las obras quedaron sin finalizar con la expulsión de los Jesuítas por Carlos III en 1767. Posteriormente, en 1794, estas instalaciones fueron ocupadas por los franciscanos al abandonar su antiguo convento de San Lorenzo del que sólo queda la portada principal de entrada, y en muy mal estado.

Los franciscanos continuaron con las obras de la iglesia que también fueron paralizadas con la exclaustración de 1835. El templo fue concluido en 1944. Posteriormente, hacia 1970 se derribó el primitivo, que no tenía gran valor arquitectónico, y desde el que se habían  trasladado imágenes, retablos, pinturas y los restos de varias generaciones de los marqueses de Priego, y los de San Juan de Ávila.

La iglesia de la Encarnación conserva importantes imágenes y cuadros, uno de ellos de Valdés Leal.